50mmレンズは全群繰り出し式なので、ピントリングがガタついても光学性能に変化があるとは思えませんが、ピント面に対する光軸の垂直が保たれない可能性はありますね。
ただ、AF35/2.0（Dタイプ、非Dタイプの両方）を長年使った経験からすると、単焦点のAFレンズはピントリングの精度がかなり高いという印象があります。グリスがきれるとヘリコイドがスカスカ、ガタガタになるMFレンズと比べれば、AF単焦点レンズのピントリングの遊び（ガタ）はほとんど無いと言ってもいいでしょう。AFレンズはMFレンズよりも華奢ですが、ピントリングの精度は非常に高く、わずかなリングの操作にピントが反応してくれて気持ち良いぐらいです。
お使いの50/1.4もフォーカス機構は35/2.0と根本的には同じはずなので（フローティング機構も何もない、単純な全群繰り出し式という意味で）、ガタがあるというのは少々気になります。点検に出した方が良いかもしれません。
ただし、ズームレンズに関してはこの限りではありません。以上はあくまでも、28〜50mm域のAF単焦点レンズにつての話です。